In base alla nuova organizzazione del Ministero della Salute stabilita dal DPR 14 marzo 2006, n.189 (Regolamento recante modifiche al decreto del Presidente della Repubblica 28 marzo 2003, n. 129, sull'organizzazione del Ministero della Salute), spetta al Segretariato nazionale della valutazione del rischio della catena alimentare svolgere le funzioni relativamente alla Consulta delle associazioni dei consumatori e dei produttori in materia di sicurezza alimentare.
Il Sottosegretariato nazionale della valutazione del rischio della catena alimentare è stato istituito nell’ambito del Dipartimento per la sanità pubblica veterinaria, la nutrizione e la sicurezza degli alimenti ed è uno dei tre uffici di livello dirigenziale generale insieme alla Direzione generale della sanità animale e del farmaco veterinario e alla Direzione generale della sicurezza degli alimenti e della nutrizione. Fra le altre attribuzioni del Segretariato quella di riferimento nazionale dell'Autorità europea per la sicurezza alimentare (EFSA), la valutazione del rischio fisico, chimico e biologico e la segreteria del Comitato nazionale per la sicurezza alimentare.
