Su richiesta della Commissione europea, il gruppo di esperti scientifici sulla salute e il benessere animale dell'Efsa ha espresso un parere scientifico sulla pandemia (H1N1) 2009 e sulle sue potenziali implicazioni per la salute animale. Dal punto di vista della salute degli animali, non sono considerate necessarie misure specifiche di controllo contro pH1N1 e, in generale, il parere dell'Efsa non mette l'accento sul ruolo degli animali nella pandemia.
La Commissione ha l'esigenza di valutare, fra l'altro, la rilevanza per la salute di animali di specie diverse (in particolare maiali e diverse specie di pollame) del verificarsi di una pandemia (H1N1) in Europa e altrove. Il parere scientifico chiesto all'EFSA sarà utile anche a valutare l'efficacia e l'efficienza delle opzioni di controllo delle malattie (come l'istituzione di restrizioni di movimento degli animali nelle zone di protezione e di sorveglianza, e misure di abbattimento degli allevamenti di suini infetti) nonché la possibilità della vaccinazione. Di interesse per la Commissione europea è anche il ruolo della fauna selvatica, in particolare, cinghiali e uccelli selvatici .
L'analisi della recente pandemia (H1N1) 2009 (pH1N1) indica che il virus contiene segmenti di gene da suini, uccelli e virus dell'influenza umana in una combinazione che non è mai stata osservata prima. Sembra probabile che il virus pH1N1 venga da suini, tuttavia, il pH1N1 virus non è stato rilevato nei suini prima della sua comparsa negli esseri umani. In aggiunta alle infezioni umane, diversi casi di infezioni da virus pH1N1 negli animali sono stati segnalati in tutto il mondo, soprattutto nei suini, ma anche in altri animali, compresi quelli di tacchini e gatti. Talvolta i maiali sono state contagiati a seguito di esposizione di persone infette. E' anche stata osservata la diffusione del virus negli allevamenti, ma la prevalenza di pH1N1 nelle popolazioni di suini non è nota su scala mondiale, in quanto solo la Norvegia ha condotto una completa sorveglianza epidemiologica. La trasmissione da suino a suino del virus pH1N1 si è verificata, ma senza aumento della virulenza del virus. Allo stato attuale, l'impatto globale del pH1N1virus per la salute della popolazione di suini dell'UE è considerato minimo, e non vi è alcuna indicazione che la situazione sia diversa altrove.
Nel pollame, focolai di pH1N1 sono stati riportati solo in particolare negli allevamenti di tacchini. La causa più probabile è la trasmissione di virus pH1N1 da lavoratori infetti durante l'inseminazione artificiale. Attualmente, non vi è alcuna prova che pH1N1 virus sia in grado di diffondersi orizzontalmente tra i tacchini.
L'Efsa raccomanda monitoraggio, sorveglianza e informazione per aumentare la consapevolezza della malattia e garantire l'applicazione delle misure di biosicurezza. I virus dell'influenza suina rilevati nei programmi di sorveglianza dei vari Paesi, nei dieci anni precedenti la pandemia, dovrebbero essere sequenziati per fornire preziosi dati scientifici in grado di migliorare la comprensione dei fattori che hanno portato all'emergenza pH1N1.Non vi è alcuna urgenza per la vaccinazione dei suini contro pH1N1 virus, anche se potrebbe essere utile, tuttavia, disporre di un vaccino specifico, basato sul virus pH1N1, in caso di cambiamento della situazione epidemiologica del virus nella popolazione di suini. Allo stato attuale, inoltre, non vi è alcuna necessità di vaccinare il pollame contro pH1N1 virus.