Sicurezza alimentare con WGS: utilizzi diversi e poche risorse

Nonostante la validità del sequenziamento dell’intero genoma (WGS) in ambito di sicurezza alimentare, lo stato dell'arte diffuso da EFSA presenta ancora limitazioni.


L'EFSA aggiorna il quadro dell'impiego della tecnica del sequenziamento dell’intero genoma (WGS Whole Genome Sequencing)  in ambito di sicurezza alimentare. L'Agenzia ha anche analizzato in che misura tale tecnica è in uso in Europa. Il WGS, sempre più frequente nei laboratori di sanità e sicurezza alimentare pubblica, viene però utilizzato in modi diversi in Paesi diversi e per scopi diversi.

L'indagine condotta dall'EFSA e dalla Commissione europea, nel 2016, in tema di Use of WGS for food- and waterborne pathogens isolated from animals, food, feed and their environment in EU/EFTA countries ha messo in luce che la tecnica WGS è utilizzata nei laboratori di 17 Paesi su 30 - principalmente come ausilio per indagini su focolai epidemici- e che il motivo fondamentale del suo mancato utilizzo è l’assenza di specifiche competenze e risorse finanziarie.

Per aumentare la cooperazione scientifica tra i laboratori europei nell'utilizzare il WGS in ambito di sicurezza alimentare e  salute pubblica è nato progetto ENGAGE (“Establishing next generation sequencing ability for genomics analysis in Europe”). La relazione messa a disposizione di EFSA descrive le principali tappe raggiunte, tra cui la divulgazione pubblica delle sequenze di batteri, pubblicazioni scientifiche, analisi comparative, laboratori, corsi di formazione, e materiali per l'apprendimento online.

Outcome of EC/EFSA questionnaire (2016)
on use of Whole Genome Sequencing (WGS) for food‐ and waterborne pathogens isolated from animals, food, feed and related environmental samples in EU/EFTA countries

Final report of ENGAGE
Establishing Next Generation sequencing Ability for Genomic analysis in Europe