WGS contro le tossinfezioni alimentari e l'antibioticoresistenza

Negli Stati Uniti si fa già, ora anche l'EFSA propende per l'utilizzo del sequenziamento del genoma intero dei patogeni di origine alimentare, per rilevare e individuare i focolai di tossinfezione.

Circa 90 scienziati, rappresentanti di organismi europei e internazionali nonché di autorità nazionali di sicurezza alimentare, si sono riuniti a Parma  nel giugno del 2014, per dibattere dell'utilizzo del sequenziamento del genoma intero dei patogeni di origine alimentare per la tutela della salute pubblica. La relazione del colloquio, appena pubblicata, racchiude le sintesi degli interventi e delle conclusioni raggiunte al termine delle sessioni plenarie.

I metodi di tipizzazione molecolare sono tecniche di laboratorio, come il sequenziamento dell'intero genoma, che consentono la classificazione e il confronto dei ceppi batterici che provocano malattie. Già nel 2013, il gruppo di esperti scientifici dell'EFSA sui pericoli biologici (BIOHAZ) aveva analizzato i metodi per tipizzare i patogeni di origine alimentare Salmonella, Escherichia coli, Listeria e Campylobacter, valutandone l'efficacia per rilevare e individuare i focolai di tossinfezione alimentare; stimare il contributo delle varie fonti nelle malattie di origine alimentare; prevedere quali ceppi di patogeni di origine alimentare possono potenzialmente causare epidemie. Il gruppo BIOHAZ dell'EFSA raccomandava che le autorità veterinarie e di salute pubblica cooperino per incrementare il ricorso alla tipizzazione molecolare degli agenti patogeni di origine alimentare.

I risultati dei colloqui di Parma, pubblicati in questi giorni, sottolineano i progressi nella comprensione delle caratteristiche molecolari dei batteri e loro genetica grazie a sviluppi tecnologici che hanno portato all'uso di metodi WGS (whole genome sequencing) per la sicurezza del cibo. Mentre le istituzioni USA, come la Food and Drug Administration, hanno già preso iniziative per diffondere i metodi WGS, l'Unione Europea attualmente dispone di una esperienza limitata, ma il potenziale di applicazione di WGS potrà estendersi di molto,  fino alla resistenza antimicrobica.

L'EFSA  ha mostrato un crescente interesse verso queste metodiche e una delle principali raccomandazioni è stata di creare un database centralizzato dei patogeni di origine alimentare sequenziati con metodo WGS.

Il rapporto integrale