Il SIGC - Sistema integrato di gestione e di controllo principi del per i pagamenti diretti a sostegno dello sviluppo rurale - si applica anche alle "misure connesse agli animali". Il sostegno (o la sua riduzione o la sua esclusione) si basa sul numero di animali dichiarato, pertanto con il nuovo Regolamento UE n. 65/2011,la Commissione Europea ha chiarito come determinare correttamente il numero degli animali.
L'articolo 17 del provvedimento (Riduzioni ed esclusioni in relazione al numero di animali) riguarda i capi bovini, ovini e caprini, rinviando gli animali di diversa specie ad un idoneo sistema di riduzioni ed esclusioni che saranno gli Stati membri a stabilire.
Per i casi in cui è stabilito un limite o un massimale individuale, il numero di animali indicati nelle domande di pagamento è ridotto al limite o al massimale fissato per il beneficiario in questione. Non è concesso in nessun caso un aiuto per un numero di animali eccedente quello dichiarato nella domanda di pagamento. Qualora il numero degli animali dichiarati in una domanda di pagamento superi il numero degli animali accertati nel corso dei controlli amministrativi o dei controlli in loco, l'importo dell'aiuto viene calcolato in base al numero di animali accertati.
Un bovino che ha perso uno dei due marchi auricolari viene considerato accertato, purché sia chiaramente e individualmente identificato dagli altri elementi del sistema di identificazione e di registrazione dei bovini. In caso di irregolarità riguardanti dati inesatti iscritti nel registro dei bovini o nei passaporti degli animali, i bovini in questione sono considerati non accertati solo se tali inesattezze sono rinvenute in occasione di almeno due controlli effettuati nell'arco di 24 mesi. In tutti gli altri casi, gli animali in questione sono considerati non facenti parte degli animali accertati dopo la prima constatazione di irregolarità.
I diversi gradi di irregolarità danno luogo a differenti percentuali di riduzione, fino alla negazione degli aiuti se la differenza tra il numero di animali dichiarato e il numero di animali determinato è imputabile a irregolarità commesse deliberatamente.
I controlli in loco sulle misure connesse agli animali sono eseguiti a norma dell'articolo 42 del Regolamento (CE) n. 1122/2009. Il preavviso non può essere superiore a 48 ore, salvo in casi debitamente giustificati. Gli Stati membri devono istituire un sistema di controllo atto ad assicurare che siano condotte tutte le verifiche necessarie per accertare con efficacia il rispetto delle condizioni di concessione dell'aiuto. È necessario che tutti i criteri di ammissibilità fissati dalla normativa nazionale o dell'Unione o nei programmi di sviluppo rurale possano essere controllati in base a una serie di indicatori verificabili.