Nel caso in cui il proprietario risulti sprovvisto del biglietto previsto per l'animale viene regolarizzato mediante il pagamento dell'importo dovuto maggiorato della soprattassa di 200,00 euro. Se il pagamento è effettuato entro il 15° giorno dalla data della notifica l'importo è ridotto a 100,00 euro. Se il viaggiatore si presta al pagamento immediato delle somme dovute al personale del treno, la soprattassa è ridotta a 50,00 euro.
Nel caso in cui gli animali non siano ammessi al trasporto, ivi compreso il caso della mancanza del certificato di iscrizione all'anagrafe canina di cui al precedente punto 2, il proprietario viene regolarizzato mediante il pagamento della penalità di 200,00 euro ed è tenuto comunque a scendere, unitamente all'animale, alla prima stazione in cui il treno effettua fermata. Se il pagamento è effettuato entro il 15° giorno dalla data della notifica l'importo è ridotto a 100,00 euro. Se il viaggiatore si presta al pagamento immediato delle somme dovute al personale del treno, la soprattassa è ridotta a 50,00 euro.
Per ogni contenitore eccedente le dimensioni ammesse in franchigia è dovuto il pagamento, salvo diversa disposizione tariffaria, della penalità di 8,00 euro ed il proprietario è tenuto comunque a scendere alla prima stazione in cui il treno effettua fermata. Se l'irregolarità riguarda sia il biglietto del viaggiatore che il rispetto delle condizioni di trasporto dell'animale oppure nel caso di utilizzazione di più treni di categoria diversa, le soprattasse o le penalità dovute si applicano una sola volta.
Nel nuovo regolamento per il trasporto di animali in vigore dal 1 dicembre 2008, i cani di piccola taglia, i gatti e gli animali da compagnia continuano ad essere ammessi gratuitamente nell'apposito trasportino su tutti i treni (esclusi quelli effettuati con materiale ETR 450).
I cani di qualunque taglia con museruola e guinzaglio sono ammessi sugli Intercity e sugli Espressi, a pagamento, nell'ultimo scompartimento dell'ultima carrozza di seconda classe, mentre non sono ammessi sugli Eurostar. Il posto di fronte al viaggiatore con il cane non è prenotabile da altri clienti, ma può comunque essere occupato da un altro viaggiatore che tolleri la presenza dell'animale. Tale esclusione dal sistema di prenotazione è stato previsto per evitare di vendere un biglietto ad un utente ignaro di trovarsi accanto un cane (che in nessun caso può occupare un posto a sedere) di cui potrebbe avere fobia o allergia.
Sui regionali, sempre a pagamento, devono viaggiare sulla piattaforma o nel vestibolo dell'ultima carrozza, ma non nelle ore di punta del mattino, dalle 7 alle 9. Nelle cuccette e nei vagoni letto, i cani di qualunque taglia salgono solo se si prenota l'intero compartimento.
Nessuna variazione per i cani-guida per ciechi, ammessi su tutti i treni senza alcun vincolo, mentre i cani appartenenti a razze pericolose non possono mai salire a bordo.
Per tutti, comunque, una regola di garanzia: i proprietari dei cani dovranno sempre essere in grado di esibire il certificato di iscrizione all'anagrafe canina secondo la normativa in vigore.