Sparite le facoltà. Strutture portanti dell'ateneo diventano i dipartimenti, che si occuperanno sia della ricerca scientifica che dell'organizzazione della didattica, e che saranno formati da un numero minimo di 50 tra professori e ricercatori. E tra dipartimenti e Consiglio di amministrazione ci saranno, quali organismi di collegamento, le Scuole. Strutture di coordinamento costituite da più dipartimenti affini scientificamente e culturalmente, che si occuperanno, ad esempio, della gestione degli spazi comuni e della promozione della ricerca interdisciplinare, coordineranno le attività didattiche comuni tra i dipartimenti.
Le Scuole saranno quattro: la Scuola delle Scienze umane e sociali (con Lettere, Giurisprudenza, Sociologia, Scienze Politiche, Economia), la Scuola delle Scienze e delle Tecnologie per la vita (con Veterinaria, Farmacia e Agraria), la Scuola di Medicina e chirurgia (con Medicina), la Scuola Politecnica e delle Scienze di base (Ingegneria, Matematica, Fisica, Chimica e Geologia). Ancora incerto il destino di Biotecnologie e di Biologia, che non si sa a quale delle Scuole finiranno con l'aggregarsi.
E si ridisegnano strutture didattiche e di ricerca, si ridefinisce la catena di comando di un ateneo che affida al Consiglio di amministrazione molti più poteri di prima, sottraendoli al Senato accademico: dalle "chiamate" dei professori e dei ricercatori alla programmazione finanziaria, dall'approvazione dei bilanci all'attivazione e soppressione di corsi di studio.
Il Senato accademico si ridimensiona diventando un organo sostanzialmente consultivo. E nel potente Consiglio di amministrazione entrano gli esterni: tre personalità "eminenti per aver operato o per operare nel sistema della ricerca pubblica o privata o nel mondo della cultura". Non professori dell'ateneo, ma neppure di altre università in qualche modo collegate con la Federico II. E, soprattutto, che non devono ricoprire o aver ricoperto, negli ultimi tre anni, cariche politico-elettive. Presenze pesanti, che potranno condizionare la gestione dell'ateneo, sin qui affidata solo all'ateneo stesso. I tre esterni saranno scelti tra quanti risponderanno ad un avviso pubblico pubblicato sul sito web dell'ateneo.
Sarà poi il rettore, sulla base dei curricula, a scegliere una rosa di sei nomi da sottoporre al vaglio del Senato accademico. Ed i tre esterni, come i 5 membri del Cda scelti tra gli appartenenti ai ruoli dell'ateneo, dovranno rispettare la parità di genere: garantite, insomma, le quote rosa nella misura di un terzo dei membri del Cda.
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