In base all'Accordo Stato Regioni del 1 agosto 2007, che ha ridisegnato la governance del sistema, la gestione amministrativa dell'ECM è stata trasferita all'Agenzia nazionale per i servizi sanitari regionali. Una apposita convenzione è stata infatti sottoscritta per favorire il trasferimento delle competenze tecniche, scientifiche, amministrative ed informatiche in materia di ECM, dal Ministero della salute.
L'Agenzia è la "casa comune" a livello nazionale, in cui collocare la Commissione nazionale e gli organismi che la corredano:
-il Comitato tecnico delle Regioni: che assicura la partecipazione di tutte le regioni e province autonome attraverso componenti designati dalla Commissione salute;
-l'Osservatorio Nazionale:composto da esperti di provata esperienza nel campo della formazione e della valutazione di qualità dei singoli professionisti, delle attività e delle organizzazioni sanitarie, designati dalla Conferenza Stato Regioni (5 componenti) e dal Comitato di Presidenza della Commissione Nazionale (6 componenti);
-CoGeAPS (www.cogeaps.it); che ha il ruolo di gestore della Anagrafe Nazionale dei crediti formativi;
-la Consulta Nazionale della formazione permanente: Organo tecnico di consulenza composto da rappresentanti di Società Scientifiche, Organizzazioni Sindacali, Associazioni di Provider, Associazioni di Tutela Malato etc..
E' all'Agenas che i provider devono versare il contributo per l'accreditamento di specifiche attività formative promosse o organizzate dagli stessi ai fini dell'attribuzione dei crediti formativi.