Lo sviluppo del settore dell'acquacoltura e l'incremento della produttività non possono prescindere dalla definizione di norme sanitarie comunitarie per gli animali acquatici. La Commissione Europea le considera "indispensabili per contribuire al completamento del mercato interno ed evitare la diffusione di malattie infettive".
La Direttiva 2006/88/CE recepita dall'Italia con la Legge Comunitaria 2007, afferma che tutte le misure di lotta contro le malattie incidono economicamente sull'acquacoltura, così come controlli inadeguati possono portare alla diffusione dei patogeni, che a loro volta possono causare perdite importanti e compromettere lo stato sanitario di pesci, molluschi e crostacei. La Direttiva si riferisce alle "condizioni di polizia sanitaria applicabili alle specie animali d'acquacoltura e ai relativi prodotti, nonché alla prevenzione di talune malattie degli animali acquatici e alle misure di lotta contro tali malattie". L'Europa chiede "maggior attenzione alla prevenzione piuttosto che alla lotta alla malattia conclamata" e di "stabilire misure minime di profilassi della malattia e di contenimento dei rischi da applicarsi all'intera catena produttiva dell'acquacoltura, dalla fertilizzazione all'attecchimento delle uova fino alla trasformazione degli animali d'acquacoltura per il consumo
umano, incluso il trasporto. La direttiva si richiama al Codice sanitario per gli animali acquatici e del Manuale diagnostico per le malattie degli animali acquatici dell'UIE.
Per migliorare le condizioni sanitarie generali e facilitare la profilassi ed il controllo delle malattie degli animali migliorandone la tracciabilità, la Direttiva chiede la movimentazione degli animali d'acquacoltura. Laddove necessario, gli spostamenti andrebbero soggetti anche a certificazione sanitaria. Per avere una visione d'insieme della situazione epidemiologica, per poter rispondere rapidamente in caso di sospetta presenza della malattia e per proteggere le aziende
o le zone destinate a molluschicoltura che presentano un elevato stato sanitario degli animali, occorre applicare una sorveglianza sanitaria basata sulla valutazione del rischio in tutte queste aziende o zone.
Nell'elaborare l'attuale normativa, l'Europa si è occupata prevalentemente dell'allevamento del salmone, della trota e delle ostriche. Altre specie ittiche, in particolare specie marine, sono attualmente utilizzate in acquacoltura. Cresce inoltre continuamente l'importanza dell'allevamento di crostacei, cozze, vongole e abaloni. L'adozione delle norme comunitarie, secondo la Commissione, ha fatto registrare "un notevole incremento" del settore.