La supervisione degli Istituti Zooprofilattici Sperimentali, in materia di controllo costi e rendimenti delle risorse assegnate, è affidata al Ministero della Salute, che ha organizzato al riguardo il Gruppo Alimenti e Sanità Veterinaria, operante in seno alla Commissione per la ricerca sanitaria. Nel corso di una serie di “site visit” negli IZS, il Gruppo ha rilevato finanziamenti al di sotto del fabbisogno effettivo per l’attività istituzionale di ricerca.. La Corte dei Conti non ha alcun potere diretto sugli Istituti, però non manca di far notare che alle grandi emergenze del passato si sono aggiunte quelle recenti, principalmente dovute ad influenza aviare, diossina nei mangimi, BSE e afta. Di particolare rilevanza è il documentato incremento dei dati relativi alla sorveglianza attiva della encefalopatia spongiforme bovina che nel più recente periodo (compreso tra il 2 gennaio e il 6 luglio 2001) evidenziano l’avvenuta effettuazione di 152.867 test rapidi che hanno consentito di identificare 17 casi di BSE.