Dopo il via libera della Corte dei Conti, l'Agenzia nazionale di valutazione del sistema universitario e della ricerca (ANVUR) può dotarsi di un Regolamento che ne definisce la struttura e il funzionamento. Il Regolamento - contenuto nel D.P.R. 21 febbraio 2008, n. 64 pubblicato in Gazzetta Ufficiale, dà l'addio al vecchio "Comitato nazionale per la valutazione del sistema universitario", sostituito dalla nuova Agenzia.
L'ANVUR è un organismo indipendente con sede a Roma, il cui compito è di " promuovere la qualita' del sistema italiano delle universita' e della ricerca. A questo fine sovrintende al sistema pubblico nazionale di valutazione della qualita', in tutti i suoi significati tecnici, delle attivita' istituzionali delle universita' e degli enti di ricerca, nonche' dell'efficienza, efficacia, ed economicita' dei programmi volti al finanziamento e all'incentivazione delle attivita' di ricerca e di innovazione di esclusiva competenza del Ministero". L'Agenzia, che opera in base ai principi di imparzialita', professionalita', trasparenza e pubblicita' degli atti, tiene conto dei criteri e dei metodi di valutazione riconosciuti a livello internazionale, con particolare riferimento agli obiettivi indicati dal Consiglio europeo di Lisbona del 23 e 24 marzo 2000, alle direttive e raccomandazioni dell'Unione europea e alle scelte definite nell'ambito del processo di Bologna.
L'Agenzia propone al Ministro criteri per la ripartizione, per ciascun anno, di una quota non consolidabile in dipendenza della qualita' dei risultati delle attivita' svolte, del fondo annuale per il finanziamento ordinario delle universita' e del fondo ordinario per gli enti pubblici di ricerca. L'Agenzia determina, anche in relazione ai parametri medi europei, il costo standard degli studenti universitari comprensivo anche dei costi per la ricerca universitaria.
L'ANVUR si avvale di un Presidente, un Consiglio direttivo (formato da sette componenti, scelti tra personalita', anche straniere, di alta e riconosciuta qualificazione ed esperienza nel campo dell'istruzione superiore e della ricerca, nonche' della valutazione di tali attivita', provenienti da una pluralita' di ambiti disciplinari) e di un Collegio dei revisori dei conti. L'Agenzia si avvale anche di un Comitato consultivo, nominato dal Presidente su proposta del Consiglio direttivo, che fornisce pareri proposte sui programmi annuali di attivita' e sui documenti riguardanti la scelta dei criteri e dei metodi di valutazione.