Le accuse sono gravi: vanno dall'associazione a delinquere finalizzata alla truffa ai danni della Regione Valle d'Aosta, maltrattamento e uccisione di animali, abusivo esercizio di professione, frode in commercio. Si ipotizza una contaminazione della razza bovina valdostana a scopo di truffa. Il tutto, si ipotizza, per poter aver i contributi regionali. Tra le ipotesi di reato ci sono: la mancata comunicazione di capi infetti per mantenere indenni gli allevamenti; l'acquisto di foraggio non valdostano per produrre latte destinato alla fontina; il maltrattamento e l'uccisione di animali (quando risultavano infetti); la vendita di fontine "adulterate".
Nell'ordinanza è poi sottolineata "la fecondazione di animali con semi non autoctoni provenienti dalla Svizzera" e "l'approdo diretto di bovini svizzeri negli allevamenti valdostani". Violazioni al disciplinare della Fontina, bovine morte e rimpiazzate, seme e bovine svizzere.
L'atto di accusa, 123 pagine di violazioni di legge e di comportamenti scorretti, smaschera una rete il cui obiettivo era quello di aggirare la legge, ottenendo i finanziamenti regionali per la tutela della razza bovina valdostana. Secondo l'accusa, molti allevatori utilizzavano seme di tori svizzeri per la fecondazione delle vacche valdostane, o addirittura venivano condotte, attraverso i valichi alpini, bovine svizzere di razza D'Hérens, molto simili a quelle della razza pezzata nera valdostana ma più aggressive, utilizzate per rimpiazzare bovine autoctone morte o malate, e per creare "super-reine" per i combattimenti.
Un altro filone dell'inchiesta riguarda il fieno, spesso proveniente da fuori Valle e utilizzato per la produzione della Fontina nonostante il disciplinare per la Denominazione di origine protetta è molto rigido a riguardo.
Infine, è stato smascherato un vero e proprio sistema di doping bovino, con la somministrazione di farmaci a base di ormoni per migliorare la resa nei combattimenti e la produzione di latte.
Il dettaglio delle accuse firmate dal GIP:
1. fecondazione di animali con semi non autoctoni illecitamente importati dalla Svizzera;
2. approvvigionamento di bovini sul territorio elvetico e successiva importazione clandestina degli stessi;
3. alimentazione di bovine utilizzate per la produzione di latte destinato alla produzione di Fontina Dop con fieno non autoctono, in contrasto con i dettami previsti dal disciplinare di produzione della Fontina Dop;
4. produzione e immissione in commercio di Fontina Dop non corrispondenti alle norme del disciplinare di produzione;
5. produzione e immissione in commercio di Fontina Dop e altri derivati con latte proveniente da bovini malati, nonché da allevamenti con qualifica di ufficialmente indenni revocata e/o sospesa per tubercolosi o brucellosi, o da allevamenti non autorizzati alla commercializzazione del latte;
6. produzione e immissione in commercio di prodotti alimentari, nella fattispecie Fontina Dop, formaggio valdostano e zangolato, pericolosi per la salute pubblica;
7. vendita di foraggio utilizzato per alimentazione di bovine da latte destinato alla produzione di Fontina Dop in assenza delle previste documentazioni commerciali e al di fuori di qualunque controllo;
8. importazione clandestina di specialità medicinali a base di ormoni a uso veterinario illecitamente somministrati ai capi bovini;
9. alterazione del risultato della prova tubercolinica;
10. illecita inoculazione del vaccino Buck 19 il cui utilizzo in Valle d'Aosta è stato vietato da diversi anni, che determina alle analisi di laboratorio titoli positivi alla brucellosi;
11. produzione di latte non di qualità con illecita percezione di contributi riconosciuti invece per la produzione del latte di qualità;
12. ricorso a un canale parallelo di esami ematici al fine di accertare preventivamente ossia prima dei controlli e delle operazioni di risanamento ufficiale la positività alla tubercolosi e alla brucellosi di bovine valdostane per il tramite di un laboratorio e adottare così una delle strategie seguenti: mantenere il bovino in allevamento con il rischio di perdere la qualifica di "indenne" e il contributo che ne consegue; avviare il bovino alla macellazione; venderlo sottacendo la patologia; alterare il risultato della prova tubercolinica.