[IMMAGINE2[L'Italia possiede un terzo delle specie animali attualmente presenti nel territorio europeo. Il rapporto dell'ISPRA sulla biodiversità, intesa come ricchezza di vita sulla terra, considera anche il ruolo delle attività agro-zootecniche.
Le attività agricole sono considerate tra le principali cause dell'inquinamento delle acque, della perdita di stabilità dei suoli e del loro inquinamento e acidificazione, dell'aumento dell'effetto serra, della perdita di diversità biologica, della semplificazione del paesaggio e della riduzione del benessere degli animali allevati. Il settore primario è nel complesso "un emettitore netto di gas serra, generati dalla fermentazione enterica degli animali allevati, dalle deiezioni degli stessi animali, dai processi fisico-chimici e biologici che avvengono nei suoli agricoli, dalle risaie e dalla combustione dei residui agricoli".
Inoltre, "la presenza di allevamenti zootecnici intensivi genera forti pressioni dovute ai liquami prodotti e al dilavamento delle deiezioni, oltre che ai residui delle lavorazioni di mattatoio e lattiero-caseari".
Tuttavia, il Rapporto evidenzia che "l'agricoltura, oltre a garantire una buona capacità di produzione di beni alimentari "può svolgere (se debitamente condotta) un importante ruolo di presidio ambientale del territorio; di conservazione della diversità biologica di ecosistemi, di specie e genetica; di riduzione dell'inquinamento e del degrado del suolo e delle acque".
Questi importanti servizi ambientali sono dichiaratamente riconosciuti e sostenuti nelle politiche settoriali dell'UE, come pure nelle strategie del Programma UE d'Azione Ambientale e nella Strategia sullo Sviluppo Sostenibile. In proposito si ricorda l'introduzione nella Politica Agricola Comune del concetto di "condizionalità"; il principio secondo cui l'erogazione dei pagamenti diretti previsti per le aziende è subordinata al rispetto di norme e misure di salvaguardia ambientale.
Tali misure riguardano principalmente i "criteri di gestione obbligatori" e le "buone condizioni agronomiche e ambientali". Attualmente sono ben 19 gli atti legislativi che vincolano direttamente le aziende in materia di ambiente, salute pubblica, salute delle piante e degli animali.